Также является генеральным директором института «Ленгипрогор», президентом Некоммерческого партнерства «Национальная гильдия градостроителей», председателем экспертного совета по развитию общественных пространств Российской гильдии управляющих и девелоперов.
Наталья Трунова имеет большой опыт практической работы и консультирования в области планирования городов и территорий, привлечения инвестиций и маркетинга территорий, разработки региональных и городских стратегий, развития человеческого капитала, управления проектами.